一座近乎原始小島上靠海處有個海港，港口不遠處有座像城堡的建築，一個穿著破舊衣物和一件獸皮製成的大衣外套看起來只有11-12的小孩（這世界是有普通動物的，一般精靈除非找不到食物一般不會吃普通動物，因為只能止餓無法幫助他們成長），臉上有些塵土，正在一個辦公室裡寫著日記，這已經是他寫的第三本日記了，桌上木盤上有些類似水果的東西，他稱呼為樹果，沒錯這是寶可夢世界，但又不是記憶裡印象中的寶可夢的世界。
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不知道什麼原因，寶可夢世界、究極異次元世界、反轉世界融合了，融合時原本的大陸破碎，異次元大陸和反轉世界的陸地砸落融合，使得原本世界被放大了無數倍。
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而且因為融合時造成的舊大陸崩塌分裂、和融合異次元和反轉世界時形成新陸地引起的天災，而存活下來的人類又因為秩序混亂引發人禍、使得大量人類死亡、科技文明倒退，使得寶可夢世界原本就有60~70%人類未探索的地方，加上現在不知道放大了多少倍的世界，新形成的不知數量方位的大陸和島嶼，還有究極異獸和悖論寶可夢的入侵，使得現在原本就很危險的野外比以前危險無數倍，所以形成無數聚集基地，而且因為人類各個聚集地之間不知相距多遠，基本無法交流通訊，只能各自為政。
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以上是他從父母的日記裡得知，不過他的父母原本在另外的一片大陸上靠海地區的基地，因為發生究極異獸暴亂，基地秩序崩潰，為了讓他能安全出生冒險出了海，但海上也是危險重重，他父親為了保護他母親留下斷後，她母親運氣好靠著吼鯨王飄流到這座島上，不過因為在海上飄流太久、而且傷心過度留下病根，生下他之後身體日漸虛弱，在他2歲多時就去世了，臨終前把他託付給了自己的寶可夢，所以他是被一隻差不多娃娃養大的。
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不過也不知道是運氣好還是不好，這裡居然是一座真正意義上的“無人”島，只有他一個人類，並且只有寶可夢世界的原生種，沒有異獸和悖論寶可夢，所以稍微安全點。
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他為什麼知道，因為他五歲就開始探索這座島，並且發現一座遺址（他在寫的日記本就是從裡面找到的），當他探索完遺址，發現這裡居然是火箭隊的秘密科學基地，當下他有點抑制不住的興奮，但馬上又因為裡面很多設備損壞，或因為不知道時間過了多久設備老舊故障，很多東西無法使用，好在他在某台快報廢的電腦裡發現了一隻（多邊獸），多邊獸的檔案裡有世界融合前的科技和寶可夢資料，在多邊獸的幫助下，他花了六年時間慢慢的修復這座基地，期間在島上尋找修復基地的材料時也不斷在島上探索，基本已經探索完成。
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至於他為什麼知道這是火箭隊的秘密基地，是因為基地外型上與超夢劇情裡新島上的基地根本就一模一樣，加上裡面還有劇情中超夢複製寶可夢和製造超夢球的設備，讓他更加確定他應該就是在新島上。
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這時候一隻多邊獸走了進來，
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“小希，基地裡的設備都維修完成了。”（是的小希就是主角，全名叫武上純希，多邊獸也是能說話的，聲音類似電子合成音）
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小希轉過身，眼眸發亮的說“所以可以開始克隆了嗎？”
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“可以開始了，基本需要的寶可夢基因也都準備好了，需要現在開始嗎？”
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“現在馬上開始，走我們現在馬上過去培養室。”
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培養室內只剩下中央一個圓筒形培養皿，因為損壞東拆西補的好不容易才湊夠一套，房間周圍是電腦和檢測裝置設備，所以看起來很空曠簡易，不過無所謂，反正只要一套完整的培養皿能夠讓超夢誕生就行，超夢出生後這房間也不會在需要。
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“多邊獸開始吧。”
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（前世哪怕後面又出了很多地區和神獸，但是超夢才是真愛、是情懷、是對前世的念想，哪怕是阿爾宙斯和夢幻也不換，而且遊戲中六百八十點的種族值也是排名前十，更合況還有兩個超進化X和Y種族值更是和烈空座併列第二，只有極巨化的無極汰那高出一籌）
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多邊獸鑽進旁邊的電腦，房間內的設備開始啟動。
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“開始加入培養液......滴，放入夢幻細胞......滴，開始依序植入寶可夢細胞.....滴，植入一號細胞成功，等待細胞融合中....”
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“多邊獸每種細胞融合需要多久？”
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“融合一種細胞預估三十分至一小時不等。”
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“嗯一天最多四十八種細胞，看來最少也要三天才能融合完成了，多邊獸這邊交給你了，融合完成或是特殊情況通知我。”
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